События разворачиваются в викторианской Англии. Действие «Vampire Knight» происходит в Академии Кросс, престижном частном учебном заведении с не совсем обычными классами; два отделения — Дневное и Ночное. На Дневном учатся обычные люди, а ученики Ночного считаются элитой. Студенты Дневного класса и их преподаватели не знают, что по-настоящему все ученики Ночного — вампиры.
Главная героиня, Юки Кросс, воспитанница директора Академии. Вместе с Зэро Кирию — другим воспитанником директора Кросса и наследником клана охотников на вампиров — она, как префект, должна следить за порядком в Академии, по возможности пресекая все контакты между Ночным и Дневным классами, сохраняя при этом тайну вампиров.
Ученики посещают занятия посменно. Днем - обычные студенты, после захода солнца - элитный ночной класс, холеные красавцы в ослепительной белой форме. Разумеется, школьникам не следует знать, что ночные учащиеся - вампиры.
Приемные дети ректора академии исполняют обязанности старост. От них требуется пресекать любые контакты учащихся разных потоков. А этого непросто добиться, ведь старшеклассниц так и тянет к прекрасным ночным студентам... да и вампиры не прочь поближе познакомиться со старшеклассницами!
В связи с этим у старосты Дневного класса, Юуки Куросу, масса хлопот. Ее соученицы в таком восторге от красавцев из ночной группы, что прямо-таки осаждают студентов-вампиров по дороге в академию. Хорошо еще, что староста Ночного класса, несравненный Канамэ-сама, помогает ей справляться с беспорядками и волнениями... хотя у второго старосты Дневной группы, Зэро Кирюу, свое (совершенно противоположное) мнение на счет этой помощи...

Действие игры развивается после убийства Хио и идет по сюжету альтернативному манге и аниме. Один из сильных, даже по меркам чистокровных, вампир целенаправленно занимается разрушением хрупкого мира Академии. Сперва ученикам дневного класса в воду подсыпается галлюциноген, заставляющий их видеть в ночном классе вампиров в самых ужасных формах, каких они только могли бы себе представить. Только к вечеру стражам, директору и вампирам удалось понять суть проблемы, поменять воду и стереть память ученикам, но отдохнуть утомленным проведенным на солнце днем вампирам не удалось. Стоило им расслабится и выпить свои таблетки, как выяснилась жуткая подмена: новые таблетки не только не утоляли жажду, они ее увеличивали. Волну нарушения главного правила ночного класса не смог остановить даже Куран. К счастью, аристократы пили кровь только друг у друга.
Теперь же сложно даже подумать об отдыхе, ведь именно этой ночью зачинщик обоих происшествий обещал прийти в Академию для продолжения разговора с Канаме. Вряд ли дело ограничится обычной беседой.